Sebagai lanjutan seri populer tentang dunia game virtual, bagian ini mengikuti protagonis yang kini semakin menguasai aturan dunia game setelah pengalaman di bagian pertama. Ia harus menghadapi tantangan baru yang lebih berbahaya, baik dari musuh di dalam game maupun masalah yang muncul dari dunia nyata. Di tengah ancaman yang mengancam keberadaan seluruh dunia game, ia terpaksa memilih antara melindungi dunia yang ia kuasai atau menyelamatkan hal yang ia cintai di dunia asli.
